当前位置:首页 > 公司新闻 >

志诺维思:“战新冠”病毒基因变异动态监测平台发布

2020-02-20 15:42:12

导语

2019年底开始,新型冠状病毒在武汉的传播,造成了数以万计的人员感染和数以千计的患者死亡。世卫组织(WHO)将此次事件定位成国际突发公卫事件,并将病毒及其引起的疾病正式命名为“SARS-CoV-2"和“COVID-19”。

WHO呼吁全球共享病毒样本、数据,并加快对药物和疫苗的研究,全球共享所有流感数据倡议组织(GISAID)正在帮助全球的研究者共享其新冠病毒的基因组数据。

在这种背景下,志诺维思依靠自身的国际领先基因组大数据技术经验,火快速搭建了“战新冠-病毒基因变异动态监测平台”,并呼吁大家能够在第一时间把更多的新冠病毒基因组序列提交到国家基因组科学数据中心的”基因组数据仓库(GWH:bigd.big.ac.cn/gwh/)"和“国家基因库生命大数据平台的序列归档系统(CNSA:db.cngb.org/cnsa)"数据库。志诺维思创始人兼CEO凌少平也针对新冠疫情对行业的影响进行分析,并指出了企业应对之道。

 

01

“战新冠”病毒基因变异动态监测平台

在这样的背景下,2020年2月17日,志诺维思联合中国医师协会(CMDA)、国家基因组科学数据中心(NGDC)、国家基因库(CNGB)和国家科学评论杂志(NSR)等多家权威机构联合发起数据快速共享倡议:

呼吁所有病毒研究者通过国家基因组科学数据中心的“基因组数据仓库(GWH:bigd.big.ac.cn/gwh/)“和国家基因库生命大数据平台的序列归档系统(CNSA:db.cngb.org/cnsa),快速分享病毒基因组数据。

最新一期国家科学评论杂志也发表社论:号召所有拥有病毒基因组数据的研究者通过向快速共享“战新冠”的数据和分析来帮助监测病毒变异的情况和演化动态(参考“基因智慧”公众号最新刊发的国家科学杂志社论:《学术道义与社会职责——呼吁即时公布和共享2019-nCov测序数据》可点击链接)。

国家有难,匹夫有责。在这个危难的时刻,志诺维思依靠自身的国际领先基因组大数据技术经验,火速抽调精兵强将,快速搭建了“战新冠-病毒基因变异动态监测平台”。该动态监测平台”可快速分析这些数据并每日更新毒情。志诺维思遵守上述数据库相关规定,承诺分析的所有的原始病毒基因组数据权利属于数据提供方,实时分析结果免费向疾控中心、医疗机构、研究人员及公众开放。

根据进化的基本原理,病毒感染人群后可能会发生变异,自然选择偏好高且传染力强的突变毒株将更加利于在人群中传播。而通过对病毒基因组序列的大数据分析,能够直观地看到这些毒株的变异情况和进化规律。

该平台通过对全球不同国家、不同数据库的存量新冠病毒基因组序列进行大数据分析,可以展示全球范围内新冠病毒基因组变异情况、变异毒株的地理分布,并可做到实时监测病毒变异和演化动态,为精准防疫和诊治提供大数据支持。

基于目前有限的病毒基因组数据分析显示,当前的新冠病毒序列的氨基酸变异处于缓慢增加的过程,在2月9日-2月16日之间,病毒序列氨基酸变异的类型增加速度进一步放缓(明显受到数据提交速度放缓的影响),氨基酸变异率也未见显著升高。

但是,由于目前数据量仍然较少,在追踪病毒变异随时间的变化上还没有足够的统计学效用,因此,志诺维思在此呼吁大家能够在第一时间把更多的新冠病毒基因组序列提交到数据库

 

 

图1. 新冠病毒氨基酸变异频数统计

 

 

图2. 新冠病毒群体演化动态

“战新冠-病毒基因变异动态监测平台”的意义在于:

(1)协助各地区疾控中心与医疗机构随时了解当地以及其他地区病毒的变异情况、变异率及地域分布,针对不同的情况给出不同的防控措施,协助防疫安排与资源调配;

(2)促进医疗机构、科研机构快速共享数据,并帮助定位影响人群感染程度的基因变异;

(3)为大众提供透明准确病毒变异科学信息,降低大众对于未知流行病和病毒的恐慌;

(4)未来可帮助发现影响症状、预后和药物治疗效果不同的变异,促进新冠肺炎的新型精准诊断和精准治疗方法研发。

 

图3. “战新冠”病毒基因变异动态监测平台网页界面

 

02

志诺维思创始人兼CEO凌少平:新冠疫情对行业的影响及我们的应对

首先,新冠病毒疫情引发了感染疾病行业的风口。在政策导向下,感染流行性疾病投入将加大,病毒检测、分析分型、疫苗、抗病毒新药研发等领域预计成上涨趋势,预计会成为下一个投资热点和风口。志诺维思在这一风向下抓住机遇,拓展业务范畴,积极参与疫情防御,响应政策指引,根据自身技术积累,建立新冠病毒基因组大数据分析平台。

其次, 新冠病毒疫情使得肿瘤检测从院外IVD转向院内。

目前院外肿瘤检测业务受阻,IVD行业平均收样量下调50%以上,部分IVD公司甚至无法产生收入,IVD行业加速洗牌。由于成本控制的考虑和IVD公司团队减员所带来的时机,志诺维思会逐步接管IVD公司的生信分析后台,同时也积极接收经验丰富的人才;

另一方面院内检测开始谋求自主发展,志诺维思的生信分析产品正好能解决医院内搭建检测平台的生信分析和解读的痛点,目前虽然疫情肆虐,但三甲医院仍然已经开始了相关产品的线上试用。

第三, 新冠病毒疫情使得院内大数据系统需求增加。医院内的院间数据共享和科研合作,将从线下面对面沟通转到运用信息化系统沟通协作。志诺维思之前扎实布局院内的肿瘤病理数据管理系统目前需求旺盛,该系统从肿瘤病理数据管理、院内专病数据库,再到院内多学科诊断应用场景,都能很好地帮助医院完成肿瘤大数据管理、科研分析和临床应用。

第四,药厂真实世界数据服务从线下人工服务导向运用大数据系统来收集分析,传统CRO线下与医生沟通收集数据的方式将受到巨大挑战。志诺维思之前构建的肿瘤病理数据网络在未来将结合志诺维思在院内部署的系统,快速甚至实时地收集和分析相关数据,向药厂提供稳定的真实世界数据服务。

第五,疫情阶段的公司应对管理。在此疫情阶段,志诺维思力求争取零感染,线上已经实现高效办公,随着疫情发展实现了逐步复工;同时,志诺维思加强了现金流管理,该举措符合政府对抗击疫情的要求和各类基金项目的申请。

 

注:“战新冠”平台(fight-sars2.genowis.com)由志诺维思设计负责开发并提供技术支撑。该平台依托于志诺维思基因组大数据分析系统“智能基因云“(igenomecloud.com) 和世界领先病毒分析技术Nextstrain(nextstrain.org)实现,保障了分析结果的准确性和可靠度。

该平台未来既可实现在专业医疗机构之间的数据共享,也可实现快速向公众发布毒情信息。如果您有任何建议,请发邮件到fight-sars2@genowis.com

返回

上一篇:万丈金数:“百家复工宝”为企业员工提供新冠肺炎保障下一篇:卖好车CEO李研珠:疫情阴影下汽车行业如何应对|凤凰鸣矣

关于我们 / 管理团队 / 投资组合 / 公司新闻 / 联系我们

copyright@2015 梧桐树资本 津ICP备16002735号